Už pred oficiálnym zriadením úradu v roku 1993 sa Slovensko zapojilo do pomoci utečencom v dôsledku občianskej vojny v bývalej Juhoslávii. V rokoch 1992 -1993 prijalo z Chorvátska najmä deti z oblasti Vojvodiny, neskôr i zo Srbska či Bosny a Hercegoviny. Predpokladalo sa, že po ukončení vojnového konfliktu sa tieto osoby dobrovoľne vrátia domov, preto im nebol udelený trvalý pobyt, ale bolo im poskytnuté dočasné útočisko. Tieto osoby mali status „odídenca“.
Ubytovaní boli v humanitnom centre v Gabčíkove, kde čakali na repatriáciu, teda návrat domov. Prvé skupiny sa vrátili do svojej krajiny pôvodu v roku 1996. Na území Slovenska ostalo 35 osôb – zmiešané rodiny, ktoré sa nemohli vrátiť a ktorým bol v roku 1997 udelený status utečenca.
Jedným z prvých špecifických programov presídlenia na Slovensko bolo presídlenie ukrajinských občanov slovenského pôvodu postihnutých černobyľskou tragédiou. Presídlenie sa týkalo rodín Slovákov, ktorí boli do oblasti postihnutej Černobyľom vysídlení ešte v roku 1947. V rokoch 1993-1998 bolo takto na základe uznesenia vlády presídlených vyše tisíc osôb. Vláda SR pre nich prostredníctvom migračného úradu vytvorila v 19 okresoch podmienky na bývanie, vzdelávanie, zdravotné a sociálne zabezpečenie. V súčasnosti sú už občanmi SR.
V rokoch 2003-2004 Slovensko zažívalo vlastnú „migračnú“ krízu. V danom období bolo zaregistrovaných v priemere 11 tisíc žiadostí o azyl ročne. Migračný úrad v rámci krízového manažmentu v spolupráci s civilnou ochranou a armádou postavil v existujúcich táboroch v Gbeloch – Adamove a v Rohovciach stany, čím rozšíril nepostačujúcu kapacitu týchto azylových zariadení. Od roku 2015, keď migračná kríza zasiahla Európu, sa pravidelne pod záštitou ministerstva obrany konajú vojenské cvičenie „Nový Horizont“. Ich cieľom je vyskúšať si spoločnú kooperáciu a pripraviť sa na spoluprácu rôznych zložiek, medzi ktoré patrí aj migračný úrad, pri ochrane a obrane štátnej hranice v čase krízy.
V roku 2009 začal migračný úrad s realizáciou pilotného projektu humanitárneho transferu. Dňa 20. júla 2009 bola podpísaná „Dohoda medzi vládou SR, UNHCR a IOM o humanitárnom transfere utečencov, ktorí potrebujú medzinárodnú ochranu, cez Slovenskú republiku.“ Vláda SR sa v dohode zaviazala poskytnúť ubytovanie, stravovanie a základné hygienické potreby utečencom a osobám pod ochranou Úradu Vysokého komisára Organizácie spojených národov pre utečencov (UNHCR) do doby ich presídlenia do tretej cieľovej krajiny, ktorou boli väčšinou USA, Kanada, Nórsko či Švédsko. Prvé osoby pod ochranou UNHCR, ktoré prišli na naše územie 26. augusta 2009, boli palestínski utečenci. Išlo prevažne o trojgeneračné rodiny s deťmi. Ďalšie skupiny tvorili afganské matky s deťmi, utečenci zo Somálska, Eritrey, Libanonu a iných krajín. Od roku 2009 bolo zatiaľ cez Slovenskú republiku presídlených celkovo 1047 osôb, z toho 502 detí; už na území SR sa narodilo 17 detí. Humanitárny transfer bol jedinečný projekt svojho druhu, ktorý realizovali iba dve krajiny: Slovensko a Rumunsko.
V čase tzv. migračnej krízy 2015 - 2016 migračný úrad spolupracoval s Rakúskou republikou, na základe podpísaného „Memoranda o porozumení medzi Ministerstvom vnútra Slovenskej republiky a Spolkovým ministerstvom vnútra Rakúskej republiky o poskytnutí dočasného ubytovania pre žiadateľov o medzinárodnú ochranu v Rakúskej republike“, ktoré predstavovalo základ pre poskytnutie dočasného ubytovania a stravovania pre žiadateľov o medzinárodnú ochranu zo Sýrie. Zámerom bolo zmiernenie náporu na ubytovanie v rakúskych zariadeniach a umožniť žiadateľom o medzinárodnú ochranu zotrvať v dôstojných podmienkach účelového zariadenia v Gabčíkove, kým bude ich žiadosť o azyl spracovaná a posúdená rakúskymi orgánmi. Memorandum o porozumení bolo podpísané 21. júla 2015 s platnosťou na dva roky. Jeho platnosť nebola vzhľadom na zlepšenie sa situácie v Rakúsku predĺžená. Počas trvania tejto jedinečnej spolupráce boli v Gabčíkove umiestnené sýrske rodiny s deťmi v celkovom počte 1 228 osôb.
Migračný úrad sa tiež podieľal na realizácii projektu založeného na prijatí 149 vnútorne vysídlených asýrskych kresťanov, ktorí sa zdržiavali v utečeneckom tábore v meste Erbil v Iraku. Slovenská republika realizovala ich prijatie jednorázovo a na dobrovoľnej báze v decembri 2015.
V rámci relokácií bolo od roku 2016 na území Slovenskej republiky dobrovoľne prijatých celkovo 16 osôb – ženy s deťmi – z hotspotov v Grécku.
Už v roku 2010 migračný úrad realizoval prvé vyslania svojich zamestnancov na podporu členským štátom, ktoré pomoc v danom čase potrebovali; najmä Grécku.
Od migračnej krízy v roku 2015 počet vyslaní expertov migračného úradu graduálne rastie. Zo strany Slovenskej republiky ide pri vysielaní do tzv. „azylových podporných tímov“ Agentúry EÚ pre azyl (EUAA, predtým Európsky azylový podporný úrad - EASO) o prejav solidarity. Týmto spôsobom sa pomáha štátom, ktoré čelia neprimeranému tlaku migračných vĺn a vysokému rastu podaných žiadostí o azyl. Pomoc je poskytovaná na základe operačných plánov podpísaných medzi výkonným riaditeľom EUAA a zástupcami daného členského štátu. Od roku 2015 boli slovenskí národní experti nominovaní na rôzne pozície v členských štátoch EÚ – Grécko, Taliansko, Bulharsko, Cyprus, Malta, Litva, Holandsko. Vyslaní experti migračného úradu pomáhajú v rámci dublinského konania, pri spracúvaní informácií o krajinách pôvodu žiadateľov o udelenie azylu, v oblasti príjmu - napr. poskytovania informácií, sociálnej práce, identifikácii zraniteľnosti, ako aj pri registrácii žiadosti o udelenie azylu.
Migračný úrad sa od svojho vzniku podieľa aj na tvorbe migračnej politiky. Prvé „Zásady migračnej politiky SR“ boli prijaté už v roku 1993. Tie po vstupe Slovenskej republiky do Európskej únie nahradila Koncepcia migračnej politiky SR. V súčasnosti platná Migračná politika Slovenskej republiky s výhľadom do roku 2025, predstavuje základný rámec pre realizáciu aktivít v oblasti migrácie a azylu. Úlohou migračného úradu je zabezpečiť plnenie a koordináciu úloh vyplývajúcich z uvedeného dokumentu a jeho rozpracovávanie do akčných plánov zajednotlivé rezorty.
Migračný úrad tiež koordinuje spoluprácu medzi ústrednými orgánmi štátnej správy v oblasti azylu a migrácie. Platformou tejto koordinácie je Riadiaci výbor pre migráciu, integráciu a inklúziu cudzincov, ktorému predsedá riaditeľ migračného úradu.
Pri poskytovaní starostlivosti o žiadateľov o udelenie azylu, ale aj pri integrácii azylantov a osôb s poskytnutou doplnkovou ochranou do slovenskej spoločnosti, migračný úrad spolupracuje nielen s inými orgánmi štátnej správy a samosprávy, ale aj s cirkvami, akademickými inštitúciami a mimovládnymi organizáciami. V azylových zariadeniach Ministerstva vnútra Slovenskej republiky je zabezpečované ubytovanie, strava, základné hygienické potreby, vreckové, zdravotná starostlivosť, sociálne, právne a psychologické poradenstvo, kurzy slovenského jazyka a kultúrnej orientácie, asistencia pri zaradení do škôl a pri vstupe na pracovný trh, voľnočasové aktivity, s prihliadnutím na zraniteľnosť a osobitné potreby žiadateľa. V prípade, že cudzinec nemal alebo nemá na území Slovenskej republiky žiaden druh pobytu pred udelením azylu alebo poskytnutím doplnkovej ochrany, tak na zabezpečenie ubytovania a základných životných potrieb mu je poskytnutý jednorazový príspevok a po dobu 6 mesiacov integračný príspevok. Súčasne má možnosť využiť sociálne, psychologické alebo právne poradenstvo, kurz slovenského jazyka, ako aj kultúrnej orientácie, ktoré migračný úrad zabezpečuje v spolupráci s mimovládnou organizáciou realizujúcou projekt najmä zo zdrojov EÚ.
Migračný úrad tiež spolupracuje s viacerými medzinárodnými organizáciami a autoritami v oblasti azylu a migrácie: Úradom Vysokého komisára OSN pre utečencov (UNHCR), Medzinárodnou organizáciou pre migráciu (IOM) či Medzinárodným centrom pre rozvoj migračnej politiky (ICMPD). Po vstupe Slovenskej republiky do Európskej únie sa významnými partnermi v medzinárodnej spolupráci stali agentúry a úrady EÚ – EASO (neskôr EUAA) a Európska agentúra pre pohraničnú a pobrežnú stráž (FRONTEX). Migračný úrad ako súčasť národného kontaktného bodu Slovenskej republiky pre Európsku migračnú sieť (EMN) sa dlhodobo zapája aj do aktivít a projektov tejto platformy.
Dôležitým aspektom práce, či už so žiadateľmi o udelenie azylu, alebo s osobami s medzinárodnou ochranou (azylom alebo doplnkovou ochranou), je približovanie spôsobu a podmienok života na Slovensku. Za týmto účelom migračný úrad vydal príručku pre žiadateľov o azyl a osoby s udelenou medzinárodnou ochranou s názvom Nový štart v Slovenskej republike. Príručka vychádza z praktických skúseností zamestnancov úradu, ale aj z podnetov cudzincov, ktorí sami identifikovali, s čím a akým spôsobom je najdôležitejšie sa po príchode do novej krajiny oboznámiť. (Publikácia je k dispozícii v rôznych jazykových mutáciách v časti "Publikácie".)
V rámci zvyšovania informovanosti odbornej i laickej verejnosti o problematike migrácie a azylu sa zástupcovia migračného úradu podieľajú na osvetových aktivitách rôzneho druhu: Informovanie na festivaloch, kultúrnych podujatiach, účasť na diskusiách či na prednáškach na školách. Migračný úrad tiež vydal informačný leták, v ktorom vysvetľuje základné pojmy ako utečenec, žiadateľ o azyl či migrant. Tento leták poskytuje informácie potrebné pre zorientovanie sa v téme migrácie a azylu, ktoré bývajú nie vždy správne interpretované.
