Úrad inšpekčnej služby na úseku kontroly plní najmä tieto úlohy:

• kontroluje a metodicky usmerňuje činnosť útvarov v pôsobnosti ministerstva v oblasti vnútornej kontroly, vybavovania sťažností a petícií a ochrany osobných údajov; vykonáva vnútornú kontrolu a finančnú kontrolu na mieste podľa osobitných predpisov,
• vybavuje sťažnosti a petície fyzických osôb alebo právnických osôb v pôsobnosti ministerstva podľa osobitného predpisu a vykonáva kontrolu ich vybavovania, vedie centrálny štatistický prehľad o vybavovaní sťažností a petícií na ministerstve,
• vybavuje žiadosti dotknutých osôb o spracúvaných osobných údajoch v pôsobnosti ministerstva podľa osobitného predpisu,
• kontroluje plnenie úloh vyplývyjúcich z uznesení vlády Slovenskej republiky, spolupracuje s orgánmi vonkajšej kontroly v oblasti vykonávania finančnej kontroly na mieste a v oblasti kontroly plnenia úloh súvisiacuch s výkonom štátnej správy v pôsobnosti ministerstva,
• spolupracuje s úradom vlády ako ústredným orgánom štátnej správy pre oblasť kontroly, sťažností a petícií; zabezpečuje súčinnosť útvarov ministerstva pri kontrolnej činnosti, vybavovaní sťažností a petícií,
• spolupracuje s Ministerstvom financií Slovenskej republiky ako ústredným orgánom štátnej správy pre finančnú kontrolu a audit, a to v oblasti plánovania a vykonávania finančnej kontroly na mieste,
• spolupracuje ako zodpovedná osoba s Úradom na ochranu osobných údajov Slovenskej republiky ako ústredným orgánom štátnej správy pre oblasť ochrany osobných údajov,
• plní úlohu odborného gestora na úseku ochrany osobných údajov, vnútornej kontroly, vybavovania sťažností a petícií v pôsobnosti ministerstva,
• vykonáva kontrolu plnenia termínov vyplývajúcich z uznesení poradných orgánov ministra, vlády, Národnej rady Slovenskej republiky a iných štátnych orgánov.